Вы чё гоните, какие файлы нужно перезаливать?! БРЕД! После ддос атаки с сайтом, с файлами и базой ничего не случится, всё будет так же как до атаки было. Это всего лишь огромное число запросов к твоему домену с кучи компов. Просто нужно поставить защиту от ддос и всё.